Nitrat är ett giftigt ämne som finns i akvariet. I höga koncentrationer är det giftigt. Det bildas av fiskarnas avfallsprodukter och andra organiska ämnen i akvariet. Ammoniak är ett mycket giftigt ämne som kan bildas när nerbrytningen inte sker fullständigt tex vid syrebrist och högt pH-värde. I filtret i pumpen kan det bildas ammoniak ifall pumpen är avstängd under en tid (några timmar till några dagar). Eftersom filtret är inslutet i en tät behållare kan nedbrytningen bara ske när pumpen är igång dvs. när vatten strömmar igenom. När pumpen är avstängd strömmar det inte något syrerikt vatten igenom och nerbrytningen blir inte fullständig. Giftiga ämnen bildas som sedan när man sätter igång pumpen kommer ut i vattnet. Se därför till att rengöra filtret ibland, inte stänga av pumpen under längre tid och göra regelbundna vattenbyten.
En annan vanlig typ av förgiftning ske genom metaller särskilt tungmetaller. Koppar mässing, zink och bly är giftigt för fiskarna men däremot inte järn i normala fall. Denna förgiftning sker inte plötsligt utan fiskarna blir allt sjukare under tiden som metallerna läcker ut i akvarievattnet från t.ex. akvariets ram eller metallföremål i akvariet. Koppar kan ibland finnas i kranvattnet då det har lösts ut från vattenledningarna. Använd därför helst kallt vatten och låt det stå ett tag för att bli varmare.
För att inte få in metaller i akvariet ska man tänka på att många stenar innehåller metaller. Man kan då lacka dessa med ofarligt akvarielack.
En annan förgiftningsorsak är tex insektsspray. Undvik att spraya olika sprayer i ett rum där det finns ett akvarium. Sprayerna kan nämligen lösa sig i vattnet och förgifta fiskarna.